甘肃既平，是解决新疆的时候了。说是解决，倒没有取杨而代之的意思，只是需要得到杨新增对奉系的政治支持和对西北人民军的后勤补给供应。毕竟，在安定新疆上，他是有相当能力和功劳的，目前人民军主要还是要用“降将降官”来保持地方安宁，贸然取代能够安定边疆之大吏并非明智之举。

杨增新，1863年出生于云南省蒙自县，清朝光绪戊子 (1888年)考中举人，次年中进士，任甘肃中卫知县，后迁任甘肃武备学堂总办。1907年调任新疆陆军学堂总办，次年经新疆巡抚联魁保荐入京，陛见慈禧太后和光绪皇帝，“慨陈戍边大志”，颇得慈禧赏识，委为新疆阿克苏道尹。

1912年6月5日，杨增新剪去发辫，脱掉清朝的五品官服，穿上民国督军的礼服，登上了新疆最高统治者的宝座。他在民国初年曾统治新疆达十七年之久，历任新疆都督、督理新疆军务、新疆督军、督办新疆军务善后、新疆省主席等职衔。他靠老练的政治经验与军事实力，平定哈密、阿克苏的动乱，分化并镇压了各地哥老会与农民起事，并与伊犁军政府和谈达成统一；尔后逐步排除军政府人物的影响力，掌握实权。到他去逝为止的17年中，虽然杨增新名义上接受北洋政府的管辖任命，后来接受南京国民政府领导，但他是新疆的实际统治者。杨增新同时调整新疆的政制，集中权力，解决了清末以来新疆巡抚、伊犁将军、各处参赞大臣事权不统一的问题。

在内政方面，杨增新推行老子的“无为而治”，信奉“浑噩长为太古民”。在政治、财政上有所改革，包括更有效率的调整建制，使新疆各地更易于为迪化（乌鲁木齐）所控制，此外整顿吏治，打击中饱，奖励垦荒，使财政收入大为增加，并实行裁军，维持了较长的安定和平。但杨增新在经济文化方面则较少建树，使新疆虽然能保持安定，并受到许多当地人民的爱戴，但缺乏现代化建设和发展。

在民族和宗教的政策上，杨采用了怀柔牵制的政策以防止了动乱。一方面以对各族上层王公的笼络支持，并使其中各集团互相牵制，少数民族之间、回汉之间也尽量使之互相牵制，在宗教方面，以不干涉一般性宗教活动为原则，但加强了政府对清真寺、伊斯兰经学院的管理，希望维持当地伊斯兰教现状，用宗教来协助社会秩序的维持，并防止外来的宗教力量进入影响。

新疆的地理位置使其成为清末以来英国与俄国争夺侵略的对象。杨增新在位时，多次向俄、英两国争取权利，包括保护俄境华侨、要求英俄商人纳税等问题等。民国初定，国势阽危。杨增新主政的新疆更是内忧外患，动乱频仍。清廷退位之后，觊觎已久的沙俄趁机介入喀尔喀蒙古事务，并引发唐努乌梁海、科布多、乌里雅苏台等地的长期动荡；内有哥老会、革命党人的暴力活动和哈密铁木耳农民起义等骚乱。民族的、政治的、国际的背景交织在一起，使民初的新疆呈现出前所未有的动荡。宦海沉浮、政坛历练，使杨增新能够更果断、更从容地止纷平乱、应对危局。在中国人传统的意识深处，金瓯不固，国将不国；守土安疆，为官之要。有鉴于此，他果断地祭出了“先攘外而后治内”的策略，此举果然奏效。

民国初年，中国北洋政府因内乱而无暇顾及新疆、外蒙古、西藏等边疆地区。就在辛亥革命刚刚一个月之后，包藏祸心的外蒙古活佛哲布尊丹巴就在沙俄的支持下在库伦宣布独立，脱离中国，并于1912年8月攻陷科布多城。为了阻止外蒙叛军扩大势力范围，1912年10月，杨增新出兵与科布多毗连的阿尔泰。此番他拿出了围魏救赵的招术，佯攻科布多城以牵制外蒙叛军，使其不敢贸然进击曾属清朝科布多参赞大臣管辖的阿尔泰地区。民国七年（1918年），裁撤阿尔泰办事大臣，设立阿山道，将其并入新疆省，免于落入苏俄和外蒙古独立分子之手。所以在当时的形势下，他对于保有新疆的领土完整是有相当贡献的，值得在史上浓笔重墨一页。

在俄国十月革命后，他与苏俄政府订立了较为平等的新通商条款，并趁此时机要求英国取消原有的最惠国待遇。此外在面对俄国内战时，杨增新严守中立，保境安民，后来又成功降服了逃入新疆的白俄军队，将其改编为归化军，使新疆最大程度地免受到俄国内战的侵扰。外交上的成功使得新疆在他统治时期未受到到严重的侵略。

为保证新疆的稳定，杨增新统治时期在与甘肃、外蒙古接壤的哈密、吐鲁番、巴里坤驻军设卡，严防甘肃、青海军阀、外蒙古黑喇嘛与革命党势力向新疆境内渗透。此一做法稳定是稳定了，也带来不好的后果。其设在星星峡的关卡，不但阻止外省人员进入，就连内地寄来的书报信件也要严加检查，使新疆和内地几乎隔绝，演变为实行闭关自守政策，让新疆各族人民长期处于“浑噩”的愚昧状态。在杨新增统治之下，民族压迫和阶级压迫较清朝有增无减。他担任新疆都督后，实行专制独裁统治，制造民族不合，为后世分裂分子的萌生埋下伏笔。